La maratón Pokémon en Pokémon Shuffle exige tener al equipo que se use en un nivel alto y con todas las mejoras y habilidades igualmente reforzadas.
La primera opción es tener como Mega a Rayquaza Shiny y acompañarlo con Hoopa Desatado, Greninja Ash y Goodra. En los dos últimos casos, deben estar con la capacidad Sintonía en el máximo nivel. Mega Rayquaza Shiny debe tener todos sus megaturbos para megaevolucionar rápido. Deberás tener entre 25,000 y 45,000 monedas para ítems en fases muy difíciles.
La segunda alternativa es utilizar como Megas o a Rayquaza Shiny o Beedrill. Pero esta vez, tendrás en tu equipo a Noivern y Hitmonlee, ambos con la habilidad cambiada a Eyección al máximo y con un nivel lo más alto posible. Con este segundo equipo, es posible llegar hasta la fase 50 sin ítems.